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A origem: Recuperadas sequências genéticas iniciais (parte 1)

Foram encontradas sequências genéticas do SARS-Cov-2 do início da epidemia na China. Essa informação dá pistas importantes acerca da evolução genética do vírus e sobre há quanto tempo circulava sem ser detetado.

Jesse Bloom, virologista americano, reparou que um artigo de investigação tinha listados todos os dados sobre o SARS-Cov-2 recolhidos até 27 de março de 2020. A maioria de um projeto da Universidade de Wuhan.

Esses dados tinham sido carregados para um arquivo online chamado (Sequence Read Archive), onde cientistas de todo o mundo depositam dados de sequenciação genética para outros analisarem. O SRA é o arquivo principal do NIH (Instituto Nacional de Saúde) de dados de sequenciamento e faz parte de uma larga parceria internacional, gerida pela Biblioteca Nacional de Medicina do governo dos Estados Unidos.

No entanto, quando tentou obter essa informação verificou que todo o projeto tinha desaparecido.

Recuperação da sequenciação apagada

Intrigado com essa eliminação, o cientista continuou a sua investigação para identificar as sequências genéticas em falta e encontrou um estudo sobre amostras iniciais do vírus que parecia corresponder aos dados excluídos.

No entanto, nesse estudo, os pesquisadores não publicaram as sequências genéticas completas que retiraram das amostras. Eles apenas publicaram algumas mutações nos vírus.

Após extensa procura no arquivo (SRA), descobriu que muitas das sequências estavam guardadas no Google Cloud. Ao todo, conseguiu recuperar arquivos para as 34 amostras iniciais do estudo que eram positivos para o vírus e reconstruir sequências virais parciais para 13 dessas amostras.

Publicação dos dados encontrados

Num artigo (ainda não revisto) o autor descreve o processo de recuperação e o que se pode retirar da informação recolhida.  Uma das ideias a que chegou foi:

“Particularmente à luz da diretiva de que os laboratórios destruíssem amostras primordiais (Pingui 2020) e várias ordens a requerer a aprovação de publicações sobre a COVID-19 (China CDC 2020; Kang et al. 2020a), parece não existir esforço máximo para rastrear a propagação inicial da epidemia.”

De recordar que Bloom fez parte de um grupo de cientistas que pediu mais pesquisas sobre como a pandemia começou. Numa carta publicada em maio, questionaram a falta de informações para se poder determinar a origem do vírus (fuga de laboratório ou transposição de espécie de forma natural).

O investigador faz igualmente consultadoria para a Moderna sobre evolução e epidemiologia do SARS-CoV-2.

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