Os testes PCR têm sido uma base fundamental da abordagem seguida no combate à pandemia. A comunicação social e até os governos têm associado testes positivos a infeções ativas da doença. No entanto, vários aspetos fazem com que essa associação não seja tão linear e algumas questões devam ser esclarecidas.
A OMS chamou recentemente a atenção para diversos aspetos relativos aos procedimentos dos laboratórios e à interpretação dos resultados.
Ciclos de amplificação
A questão dos ciclos de amplificação tem sido referida há muitos meses no meio científico. A natureza dos testes PCR faz com que sejam muito sensíveis na deteção de fragmentos virais, mesmo que o sujeito não esteja infecioso.
Existe um significativo consenso científico internacional (há?) vários meses de que o número de ciclos usado influencia em muito a probabilidade de se testar positivo sem se estar de facto infecioso.
Vários estudos têm apontados para que pessoas com testes PCRs positivos a partir dos 25 ou 30 ciclos apresentam poucas possibilidades de estarem infeciosas.
O próprio autor do protocolo inicial para o teste PCR, Christian Drosten, afirmou recentemente numa entrevista que a partir de 27-28 ciclos “a infecciosidade realmente chegou ao fim”.
No entanto, em Portugal, o próprio Germano de Sousa, fundador do maior grupo laboratorial português, admitiu que tinham alterado os ciclos dos 40 para os 35.
Recolha de nova amostra e repetição de teste em positivos assintomáticos
Nas suas orientações, a OMS vem recomendar que os PCRs sejam usados como ajuda ao diagnóstico.
“A maioria dos testes PCR é indicada como auxílio ao diagnóstico, portanto, os profissionais de saúde devem considerar qualquer resultado em combinação com o tempo de amostragem, tipo de amostra, dados específicos do ensaio, observações clínicas, histórico do paciente, status confirmado de qualquer contato e informações epidemiológicas.”
Neste aviso a OMS afirma que, em caso de resultado positivo numa pessoa sem sintomas da doença, deve ser feita nova recolha de amostra e outro teste.
“Quando os resultados do teste não correspondem à apresentação clínica, uma nova amostra deve ser colhida e novamente testada usando a mesma tecnologia ou uma tecnologia NAT (amplificação de ácido nucleico) diferente.”
De acordo com informação recolhida junto de laboratórios, esse procedimento nem sempre é realizado. Caso exista contaminação da amostra, em qualquer fase do processo, o resultado do teste será sempre o mesmo e não se despistam falsos-positivos.
Prevalência da doença e falsos positivos
A percentagem de falsos positivos depende sempre da prevalência do vírus.
A OMS relembra essa relação:
“A OMS lembra os utilizadores de IVD que a prevalência da doença altera o valor preditivo dos resultados do teste – conforme a prevalência da doença diminui, o risco de falso positivo aumenta.”
“Isso significa que a probabilidade de uma pessoa com resultado positivo (SARS-CoV-2 detetado) estar realmente infetada com O SARS-CoV-2 diminui à medida que a prevalência diminui, independentemente da especificidade alegada.”
Perguntas
1. Existe algum estudo para avaliar a percentagem de testes considerados positivos que são realmente infeciosos, nomeadamente, através de cultura viral?
2. Quantos ciclos são atualmente usados em Portugal? Existiram alterações ao longo do tempo como a reconhecida por Germano de Sousa?
3. Quais os protocolos gerais utilizados? São universais para todos os laboratórios? Onde podemos encontrar essas normas?
4. Existe alguma recomendação sobre quantas amostras de pacientes diferentes devem ser colocadas na máquina de PCR? Existe algum protocolo geral quanto ao “pooling” para se diminuírem as contaminações da amostra?
5. Os laboratórios em Portugal têm de seguir as orientações da OMS? Porque é que nem todos as seguem?
6. Que entidades reforçam as orientações internacionais junto dos laboratórios? São sujeitos a inspeções periódicas para avaliação de procedimentos? Quem fiscaliza?
7. Porque não aparecem discriminados, juntamente com o resultado positivo do teste, a carga infeciosa e ciclos necessários?
8. Qual o registo histórico dos ciclos necessários (média) até positividade?
9. Passados quantos dias de teste PCR positivo consideram um óbito por Covid em sujeitos sem quadro clínico associado?
10. Foram/ são feitos testes PCR aos óbitos? A todos?
Referências:
1.How Large are the Effects from Changes in Family Environment? A Study of Korean American Adoptees, Bruce Sacerdote – https://academic.oup.com/qje/article-abstract/122/1/119/1924717?redirectedFrom=fulltext
2. Correlation between 3790 qPCR positives samples and positive cell cultures including 1941 SARS-CoV-2 isolates – Rita Jaafar, Sarah Aherfi (…) https://pubmed.ncbi.nlm.nih.gov/32986798/
3. Predicting Infectious Severe Acute Respiratory Syndrome Coronavirus 2 From Diagnostic Samples – Jared Bullard, Kerry Dust, Duane Funk (…) – https://academic.oup.com/cid/article/71/10/2663/5842165
4. Correlation Between 3790 Quantitative Polymerase Chain Reaction–Positives Samples and Positive Cell Cultures, Including 1941 Severe Acute Respiratory Syndrome Coronavirus 2 Isolates, Rita Jaafar, Sarah Aherfi (…) – https://academic.oup.com/cid/article/72/11/e921/5912603
5. Diretrizes Internacionhais para a Certificação e Classificação (Codificação) da Covid-19 como Causa de Morte – Organização Mundial de Saúde https://www.who.int/classifications/icd/Guidelines_Cause_of_Death_COVID-19-20200420-PT_Apr_24.pdf?ua=1
6. Estatística Covid DGS – https://covid19.min-saude.pt/ponto-de-situacao-atual-em-portugal/
7. Conferência de Imprensa Covid-19 (18.04.2020) – SNS https://www.who.int/classifications/icd/Guidelines_Cause_of_Death_COVID-19-20200420-PT_Apr_24.pdf?ua=1
